这里面估计有很多历史原因。
大卫是犹太人。根据犹太人律法，男孩出生第八天必须进行割礼。历史上的大卫绝对是行过割礼的人。而且，从现在医学角度已经证明，做过这种“割礼”手术的男性，患生殖器疾病的比例大大低于不做这种手术的男性，据说现在西方有些国家也有这样的手术，大约是征求父母的同意后为孩子实施手术。医学也证明在孩子出生第八天，此处的血小板数量最多，在这个时候行割礼最容易恢复。
但米开朗基罗是意大利人，生活在文艺复兴时期。我们都知道文艺复兴时期，欧洲是罗马大公教会控制区。大公教会是基督教的一个分支。
公元四世纪基督教被定为罗马国教，在罗马帝国控制下的小亚细亚到东欧一带，都是基督教区。在基督教的教义中，男子不必按照犹太教律法实行割礼，主要原因是使徒保罗说割礼不能证明人内心对上帝是否真正顺服，不能用割礼来证明一个人是不是“真犹太人”，因此从某种意义上“废除”了割礼的表面意义，而追求“割礼”的属灵意义。在基督教传入欧洲之后，并不强调男性必须要实行“割礼”也是可能的。
在公元十世纪前后，基督教各地教会教权并不统一，为了防止有人曲解圣经、制造异端，教会将圣经解释权“收”归各地大主教，因此数个世纪以来，大多数基督徒没有机会阅读圣经，对圣经知识较少认识，都是通过主教的讲解来了解圣经的内容。米开朗琪罗应该也是这样的基督徒，那么他对于“割礼”的问题可能也不是很清楚。
不排除米开朗琪罗曾看到过希腊古风时期的艺术作品，因此他的艺术作品也非常强调正确的人体解剖结构、人体艺术美，他的作品完全依据写实基础，着力表现人体美，也很正常。
当时美术工作还停留在作坊制，艺术家对人体的认识，是依靠模特写生来了解，作为模特的男性如果也没有经过割礼，那么米开朗琪罗所绘制、雕塑的作品中的男性没有行过割礼，也就很好理解了。
补充下：
既然有人提出大卫的阴茎看起来显得小，这里是有比较专业的解释：
我们观察一下应该不难发现，从这种平视的角度看这尊雕塑，会注意到大卫显得很“小个子”，而造成这种现象的原因是，大卫的肩部以上显得大了，特别是头部。因为这尊雕塑体积很大。米开朗琪罗预料到，当这样一尊很大的雕像被摆放在公开场合后，人们必须仰头观看，根据透视规则，如果按照正常比例来塑造，雕像的头部就会显得很小。因此米开朗琪罗在进行雕刻的时候，有意将头部加大，以配合观赏者视角的接受能力。
所以在我们用这种平视角度看到人体下半身局部显得小，原因是头部显得大，这是一个视觉对比产生的现象，作者当年可没想到现代的摄影技术可以弥补观察角度的不足，所以他当时刻意追求的效果，现在看来就显得突兀。