1. 这件事是真的。
http://www.nature.com/nature/journal/v510/n7503/full/nature13306.html
下文中引用内容部分来自本文。
2. 技术含量有多少?
技术含量有多少不好说。但是工作量一定非常大。
颜宁老师采用的X-ray crystallography是结构生物学最常用的手段,即:获得大量有活性的蛋白-摸索条件结出蛋白质晶体-X射线衍射,根据衍射图谱用数学物理方法解结构。
(其实在颜老师的paper里面就有写啦,method里面的小标题:
Protein expression and purification
Crystallization
Data collection and structure determination
这就是他们为了获得结构所做的工作。
为什么要获得人源GLUT1的结构?
因为得到了蛋白质的结构,就得到了蛋白质的活性位点,就有了潜在的药物靶点。
GLUT1的意义已经有回答提到了,这里暂且不表。
很多药物的作用机理是抑制蛋白质的活性。现在的药物设计中,一种正在发展中的手段是,通过蛋白质的活性结构和小分子对接,对接成功的小分子及其类似物投入进一步的活性检测,最后进入临床测试阶段。
啥叫分子对接?一张图说明这个问题。
下图是HIV protease和药物小分子saquinavir对接的结果图:
自己做的对接……献丑了……
蓝色的卡通图表示蛋白质HIV protease,是艾滋病毒侵染细胞后自我复制所必须的蛋白。绿色的sticks是药物分子saquinavir。
可以看出来,本来这个蛋白质中间有个“口袋”,是蛋白质有生物活性的部位,“生物活性”在这里可以理解为HIV病毒作怪的能力。在正常的HIV病毒里面,这个蛋白质的口袋里应该装的东西,就是所谓的底物。现在这个口袋里却被人为地装进了一个奇怪的东西(药物分子saquinavir),而且蛋白质还对这个奇怪的东西非常中意……所以,蛋白质该发挥作用的底物就进不去口袋了。也就是说,HIV protease的生物活性被saquinavir抑制住了。艾滋病毒就无法在人体继续复制了。
分子对接听上去很容易,就是设计出一个奇怪的东西装到蛋白质的口袋里嘛。
实际上,首先你要有一个蛋白质结构……
光是这一步就非常困难了。它的难点在下文会有详细的解释。
其次,你要确保这个小分子物质不会误伤友军啊!万一它在抑制病毒里蛋白活性的同时,一不小心把自己身体里有重要作用的蛋白活性抑制了……那就不是治病了啊,那是杀人。
但实际上,“不误伤友军”是非常理想的情况。大多数情况下,市面上的药物小分子都会或多或少地同时对人体里其他蛋白有抑制作用。只不过这些抑制作用对人体损伤相对不是很大,所以药还是可以继续用。勉强算是“是药三分毒”这句俗语背后的科学原理吧。
为了确保你用计算机模拟出的药物小分子实际上也有用而且不太会误伤友军,后面还要进行一系列实验室里的生化试验,再去进行很多很多很多的临床试验……通常要花几年时间甚至几十年。
这就是所谓的,从基础研究到临床应用之间的距离吧。
如果在实验室里,颜宁老师和他的学生们的日常会是什么呢?
注:以下并不是我自己凭空YY的内容,X-ray crystallography是一个非常成熟的技术,也就是说,他们做的事情是非常模式化、标准化的。我自己在一个解结构的实验室里也做了一年有余。
从蛋白质的获得谈起。
The recombinant GLUT1 was expressed using the pFastBac baculovirus system (Invitrogen). Briefly, bacmid DNAs were generated in DH10Bac cells, and the resulting baculoviruses were generated and amplified in Sf9 insect cells (Invitrogen).
为了获取足够多的GLUT1用于结晶,颜宁老师实验室采用昆虫细胞表达系统表达人源蛋白,意味着实验人员会花很多时间在培养昆虫细胞上。
表达外源蛋白的方式有很多种,包括用大肠杆菌表达、酵母细胞表达,昆虫细胞表达。用昆虫细胞表达是最辛苦的。
养细胞是挺辛苦的一件事,因为一段时间内,实验室里的工作人员需要几乎每天都需要花一段时间去照顾细胞。身边同学寒假在养昆虫细胞,大年三十还得从家里赶到学校,否则细胞死了,蛋白没了,什么实验都没法做下去。
昆虫表达系统和之前提到的大肠杆菌、酵母表达系统相比,培养基贵、细胞难养活,而且表达效率还相对低下。表达效率低下的意思就是,你需要养活很多很多细胞才能获得一点点蛋白……但是由于人的GLUT1又是膜蛋白、又是真核细胞蛋白,大肠杆菌和酵母这么低端的生物很可能是hold不住的,用它们表达的蛋白很可能没有生物活性。所以没办法啊,辛苦也只能这么做。
接下去是蛋白纯化,没什么好说的,用的是普通的柱层析方法。
好了,我们辛辛苦苦养细胞,获得了大量外源表达的蛋白,然后呢?
要结出蛋白质晶体啦。
蛋白质的结晶条件很苛刻。
大家知道的食盐(NaCl)晶体非常好获得,只要得到过饱和溶液,假以时日晶体自然会结出来。
但是蛋白质这么复杂的东西,尤其是膜蛋白,仅仅让它过饱和可不够,很可能它就傲娇地直接沉淀了……需要加入很多其他的物质,包括维持pH的缓冲物质、一定浓度的盐,甚至还要有一定浓度的去垢剂。而且为了保持蛋白质的稳定,通常要在低温条件下结晶。这些复杂的条件,改变少许,也许本来能够结晶的蛋白就结不了晶,或者结出来的晶体不够大,不能用。对于蛋白的结晶条件,有一些大概的指导方向,但是却没有确定的公式般蛋白-结晶条件的关联。换言之,为了得到晶体,我们只能不断重复,不断尝试。
下面是颜宁老师发的paper中的描述:
Most of the efforts failed to yield crystals. Finally, the full-length GLUT1 containing two point mutations N45T and E329Q purified in the presence of 0.4% (w/v) β-NG gave rise to crystals through hanging-drop vapour diffusion method in the well buffer containing 30% (w/v) PEG400, 0.1 M MES pH 6.0 and 0.1 M MgCl2 at 4 °C.
Most of the efforts failed…这短短的一句话背后,可能是成千上万次失败的经验。丝毫不夸张,因为每次筛选蛋白质结晶条件,需要点24或96孔板,每个孔里就是不同的结晶条件的蛋白。每个孔里都要精确地加入不同种类不同浓度的上述物质,然后就是漫长的等待。每天在冷房里的显微镜下挑晶体。如果这些条件都失败了,蛋白又用光了,只能从头再来……幸运的,可能几个星期就拿到晶体,不走运的,可能半年一年都颗粒无收。
很难形容终于看到一个足够大的蛋白质晶体时的激动感。
最后的部分是用X射线衍射,收数据,处理得到结构。
这部分主要是数学和物理知识的运用,相对整个过程而言花的时间不是太长。当然也有衍射后发现晶体不够好,得不到结构,还要从头再来的……也要经过很多trial and error,不过相对之前的部分而言是脑力活动多于体力活动,重复劳动比较少。
不知道大家觉得这算不算有技术含量?
3. 能不能得到诺奖?
私货时间:个人觉得离诺奖还有距离,虽然是提供了一个很重要的治疗癌症的靶位,但是和解析核糖体结构什么的相比,总觉得还差了点什么。
4. 离我们有多远?
有很长一段距离。具体请见第二部分。
从结构到药物,真的还有很长一段路要走。
— 完 —
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【知乎日报】
你都看到这啦,快来点我嘛 Σ(▼□▼メ)
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