忙了一天发现被推荐到知乎日报了，惶恐至极，特对答案进行修改和完善。由于本人处于化学领域，所了解的也是一部分物理和大部分的化学以及生物方面的投稿以及评审情况，所以难免会有所错漏，评论中有许多知友指出了在其他学科中的不同情况，在此更新于答案起始处。
- 根据 @金秉文、 @丁峰、 @王赟 Maigo等知友提出，对于计算机领域，由于大部分的稿件会投到会议上，而绝大部分的会议论文都是双盲审稿，所以情况和其他领域有所区别。也就是说作者和审稿人互相不知道对方的身份，在一定程度上避免了我在下文中提到的第二个局限性。
- 根据知友 @胡平指出，在数学领域没有我提到的流程中“作者提供审稿人”的情况，审稿人完全由编辑决定。
在这里再次感谢评论中的知友们帮助我完善这个答案，由于我只是一个普通的在读学生，自己很难了解所有的研究领域，所以希望大家不吝赐教，我也会尽我所能来完善这个答案，让大家能够对Peer review的过程有一个更全面的了解。
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在组里做了一段时间了，自己的论文经历过Peer review，也尝试过代替导师对一些论文进行Peer review，这里简单介绍一下这个制度。
本人是化学领域的研究生，所以这个答案主要针对的学术界的情况。在工业界和商业界也同样有Peer review的情况，但是这就是我完全不了解的领域了，这个答案中暂时不予考虑。
Peer review，中文一般翻译成“同行评议”或者“同行评审”，它的定义可以参考维基百科同行評審
同行评审（Peer review，在某些学术领域亦称 Refereeing），或译为同侪审查，是一种学术成果审查程序，即一位作者的学术著作或计划被同一领域的其他专家学者评审。一般学术出版单位主要以同行评审的方法来选择与筛选所投送的稿件录取与否，而学术研究资金提供机构，也广泛以同行评审的方式来决定研究是否授予资金、奖金等。
同行评审程序的主要目的是确保作者的著作水平符合一般学术与该学科领域的标准。在许多领域著作的出版或者研究奖金的颁发，如果没有以同行评审的方式来进行就可能比较会遭人质疑，甚至成为某出版物、作品是否可以被称为学术出版物的主要标准。
简单来说，Peer review就是让多个待发表论文所处领域的专家对其提供意见，从而协助编辑判断文章是否适合发表的过程。下面个人简单解释一下这个制度、流程和局限性；鉴于本人并非专注于期刊发表领域的专家，所以答案难免具有一定的不足，如果有问题望及时指出。同时，此答案所涉及的情况和流程都针对自然科学界（特别是化学和生物）中上水平的期刊，用一个不太准确的分类来定位的话，基本是SCI分区中三区以上的期刊。
首先，一般的学术期刊会有一个主编和多个负责不同研究方向的副主编，一篇论文在完成后投稿到一个期刊并发表的流程大致如下：
作者投稿——主编收到稿件——主编将稿件转发给某个合适的副主编——副主编将稿件送给论文所在领域的专家进行评议——副主编汇总建议，对论文提出意见——论文被接收，或修改后接收，或拒收。
这个过程中，由副主编进行的，将论文送到大于等于两个审稿人（Referee）手中，让他们对论文是否适合发表提出意见的过程，就是Peer review。
然后介绍一下Peer review是怎么进行的。
当论文被提交的时候，作者会给编辑去一封信，用来简单介绍自己论文的重要性以及为什么要在这个期刊发表，这封信被称为“Cover letter”。在这封信的末尾，作者需要建议一些审稿人并提供他们的联系方式供编辑参考（在数学方面似乎不需要作者提供审稿人，全部由编辑决定）。一般来说，编辑会在这些作者建议的审稿人中选择一个，再根据自己对该领域的了解选择另一个审稿人来进行Peer review过程。如果两个审稿人的意见一致，那么副主编一般会采用他们的意见；如果意见不一致，副主编一般会选择第三个审稿人作为仲裁。需要注意的是，同行评议只是一个参考，文章是否被接收的决定权在且只在于副主编。
顺便上传一个与此相关的介绍供大家更深入的了解Peer-Review，这是Dr. Rainer Glaser给我们上课时的课件，可以在他的主页上找到更多的知识，分享请注明出处。
接下来写一下Peer review的具体流程。
当论文被提交，并被主编转发到副主编办公室后，副主编会对论文做一个简单的判断。如果他认为值得审核，就会把论文转发给两个或更多的审稿人手中，Peer review过程正式开始，这个过程也被称为“送审”。
需要注意一下，送审的过程中，作者的名字是公开的，也就是说审稿人可以看到论文作者是谁；但是审稿人是匿名的，作者不会知道自己的论文经过了谁的审核（这个情况仅限于期刊，对于会议论文，特别是计算机领域的会议论文，似乎更多的是双盲审稿）。
审稿人对论文提出意见之后，意见汇总到副主编办公室，如果副主编没有决定直接接收或拒收这篇论文，那么他就会把审稿人的意见转发给作者并且要求作者针对意见逐条进行回复，同时根据意见对论文进行修改。在回复之后，Peer review过程就已经结束，副主编会根据作者的回复决定是否接收这篇论文。虽然审稿人会看到作者给他的回复，但是一般情况下他不能再发表意见。
最后说一下Peer review制度存在的问题及其局限性。
- 因为Peer review的过程是免费的，虽然审核一篇论文是一个相当消耗精力的工作，但是编辑部并不会为此提供报酬，这使得一些教授不愿意在这个过程中花费太多的精力。果壳有一篇翻译的文章，链接贴过来供大家参考 同行评议还要免费多久？评论中@张旭提到Nature投稿需要审稿费，这个我不了解，如果有审过Nature稿件的欢迎现身说法，不过仍然确定的是这种情况是极少数的特例。
- 有很多审稿人在评审的时候不够公正、过于主观，这也是科学界区分派系，互相拉关系最主要的原因之一。很多时候，一些论文能否在高质量期刊发表的界限相当的模糊，加上作者的名字是公开的，这就使得Peer review制度具有相当的弹性可供操作。一些非常常见的情况包括但不仅限于审稿人对熟人的照顾、审稿人对某些国家作者的歧视等情况。正因为如此海外大牛课题组的工作学习经历才变得重要，当一个作者熟识了许多同行，在Peer review中就更有可能得到正面的评价。而这样的结果也导致了高质量期刊存在相当一部分没什么意义的灌水文章，而一些很出色的论文只能发表到次等的期刊上。
- 如前文已经提到的，Peer review只供参考，副主编的的决定才是关键因素。副主编在论文的评审过程中权利过大，而且同行评议又不是一个透明的过程，存在暗箱操作的可能性。
- 举个例子也许会比较容易理解。假设某作者有一篇论文投稿，但是副主编自己也在进行这个工作并且即将完成，或者副主编对这个作者本人存在偏见，那么副主编就可以同时将论文发给多个审稿人，然后忽视掉其中赞同的意见，将其中持反对态度的审稿人意见发送给作者并作为拒收论文的依据，这是现实中已经发生过的情况。
- 再举个例子。前段时间有一个教授，在投稿时将Cover letter末尾的推荐审稿人联系方式的邮件地址都改成了自己注册的类似的邮件地址，然后自己审核自己的论文……
— 完 —
本文作者：Smile Zhu
【知乎日报】
你都看到这啦，快来点我嘛 Σ(▼□▼メ)
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