感觉这个问题的答案可以参考我另一个回答大脑代偿功能的原理是什么？题主所述的现象有点类似我在该回答中举得“幻肢”的例子。
不过我还是从新写一遍吧。负责机体感觉的脑区是中央后回，而且人体的各个部位在该脑区的对应位置是不一样的，从而在中央后回就有了体感皮质定位图（下图）。当刺激皮肤某一特定区域时，该刺激首先转换为电信号，并通过感觉神经元传入到中央后回中的相应位置，从而人体产生了感觉。所以发生这种情况的原因肯定是传入神经出了问题，A点传入的信号有一部分被错误传到负责B点的大脑区域。
发生这种情况的可能原因就是幼儿时期在 突触生长（Synaptogenesis） 阶段突触连接功能出了问题， 本来应该连在手臂上的部分神经纤维连在了同侧大腿上（ @幻狼 的那个例子），这样在挠A的时候就可能出现B点痒痒。如图中，胳膊和大腿在体感皮质定位图的位置是很接近的。
如果只是题主所述的刺痒问题的话，那不用担心，不属于疾病的范畴，只是神经系统发育略微有点异常而已。
PS：由于我自己没出现过类似状况，也没听说过类似状况，上述内容只能说是推论。
来源：知乎 www.zhihu.com
作者：杨钒
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