我的感觉和题注相反：中科院的科研实力非常之强，有钱、有设备、有牛人，而且这几年国家拼命往科研里砸钱，中科院的项目、资金和牛人，都越来越多。
1. 从宏观的角度讲，中科院发表高水平论文的数量多。多到什么程度呢？世界第六，亚洲第一。
- 根据上个月Nature刚刚发布的”Nature Publishing Index 2013 (Asia-Pacific)”，在全世界，中科院发表Nature研究型论文及其子刊的指数（Nature Publishing Index, 缩写为NPI或CC），仅排在哈佛、MIT、斯坦福、美国国家卫生研究院、德国马普所之后，排名世界第六，高于法国CNRS、日本东京大学、牛津、剑桥。（引自Nature Publishing Group）
- 在亚洲，中科院的NPI指数排名第一，高于东京大学，且远远高于日本理化研究所（就是小保方晴子那个所）、京都大学、大阪大学、昆士兰大学、新加坡国立大学等。（引自Institution rankings）
- 如果按国家来比较，日本以NPI指数290.01排在亚洲第一，中国的NPI指数为245.19，排在第二。澳大利亚、韩国、新加坡分列三、四、五位，NPI指数分别为103.76、66.89、41.52。且中国的增长速度最（引自2013 Nature Publishing Index）。
- 但中国的研究效率（每一千个科研人员创造的NPI指数）较低。
2. 我不是很了解别的学科。仅从我自己的研究领域来讲（结构生物学），中科院的实力是很强的。
五六十年代生化所、有机所和北大联合，钮经义、邹承鲁、汪猷等老一辈科学家合作，在世界上首次用人工方法完成了牛胰岛素的合成，还在第一个胰岛素晶体结构成功解析之前！但当时由于提名问题，与诺贝尔奖擦肩而过。
远的不提，2003年生物物理所饶子和研究组成功地解析出第一个SARS病毒的主要蛋白酶及其与抑制剂复合物的晶体结构，为抗SARS药物的发现奠定了重要的结构基础（doi: 10.1073/pnas.1835675100）。饶组还解析了mitochondrial respiratory membrane protein complex II（doi:10.1038/nature07120）、polymerase PAC–PB1N complex from an avian influenza H5N1 virus（doi：10.1016/j.cell.2005.05.025）等重要蛋白结构，都牛哄哄发表在高端大气上档次的CNS上。
后来，生物物理所（常文瑞组）又世界首次解析了菠菜主要捕光复合物（LHC-II）的晶体结构。是发现的膜蛋白结晶的一种全新方式。（doi:10.1038/nature02373）
从此植物的阳光过多咋办，这种膜蛋白结构咋解析，迎刃而解了。
所以说，中科院有历史、有钱、有人才，很牛。现在国家匡匡砸钱，千人百人匡匡进人，会越来越牛。
至于民众不知道中科院（和/或其它研究所）在干啥——正如 @孙尉翔 所说，在瓷器国，科研经费给谁，又不是民众决定，所以民众知不知道，教授所长们不care。
来源：知乎 www.zhihu.com
作者：menz
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