分子钟和中性学说。
上世纪60年代以前，大家对进化论的认识是，基因突变要么是好的（被自然选择留下来），要么是坏的（被自然选择淘汰掉）。随着基因序列数据的慢慢积累（实验数据也很重要～），开始有人用序列比对来分析不同物种间的同一个基因（ortholog）的序列。Zuckerkandl和Pauling发现，物种间的序列的差异大小总是跟物种分化的时间（由化石证据推算）成正比（即分子钟）。如果突变是否被接受完全是由自然选择决定的，那么我们不应该看到这个现象，而应该看到序列的差异大小与生存环境的差异大小成正比。这个发现后来为中性学说的提出(Kimura)作了很好的铺垫。中性学说指出，基因突变只有少数是好/坏的，大多数是中性的，能否被接受完全是随机的，因此进化时间越长，随机积累的差异就越多，所以会有分子钟的现象。现在在基因型的水平上（与之相对的是表型的水平），大家都已经接受了中性学说。
另外，当年测序和做序列比对可不像今天那么容易。序列比对的算法在生物信息学里面也算是很重要的一块了，可以说的很多，就不展开了。
参考文献：
Zuckerkandl, Emile, and Linus Pauling. “Evolutionary divergence and convergence in proteins.” Evolving genes and proteins 97 (1965): 97-166.
Kimura, Motoo. The neutral theory of molecular evolution. Cambridge University Press, 1984.
——————分割线：以下是关于问题和回答的一些个人意见———————
- 我是做分析，不做实验的，所以我觉得是“通过生物信息学的方法发现”的东西，做实验的同僚不一定赞成。
- 显然，离开了实验数据的生物信息学分析是无本之源，我最多只能说在某种意义上，这个“重大发现”里面的，比起实验得到的数据，分析得出的结论相对比较重要。所以在上面的回答中我也强调了，实验数据也很重要。
- 现
在“生物信息学”的内涵非常广泛，生物研究中针对序列（DNA，蛋白质），网络（信号通路，蛋白相互作用网络），图像，等等的分析都能算在里面，所以基本
很多发现都是离不开生物信息学的。我的回答只是谈到了我自己比较熟悉的序列分析方面。 - 我
心目中什么才算“重大”：现在很多实验产出数据量很大的文章（数据量大，必然依赖生物信息学来分析），其结论都是很描述性的（比如说基因组包含几个基因，
某个基因在/不在某个通路里面，某个病跟哪几个SNP有关……大家都知道会有那么些东西在那里，只是不知道具体是什么）。某种意义上，这就像是在”集邮
“(语出”All science is either physics or stamp collecting”-Ernest
Rutherford)，没有什么理论/概念上的突破，所以应该不算重大。当然你也可以说目前生物学研究的主要目标本身就是“描述”生物系统是怎么运行
的，所以描述性的结论也可以很“重大”。我能理解这种观点（并且请参看上面的第2点），它也有一定道理，只是我认为理论/概念上的突破比之更“重大”而已。我本来打算多列举几个的，但基于以上考虑，和本人较窄的知识面，暂时想不到其它重大的发现了…… - 生物信息学发展出来的算法/技术/软件本身也很重要，不过那些是人设计出来的东西，不算“发现”。
来源：知乎 www.zhihu.com
作者：Philip Yang
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