农信系统的经营管理体制，是我国金融生态圈中独树一帜的奇葩（此处贬义）。
农信系统的历史沿革， @mobye说得挺清楚，从中我们可以发现，地方政府在农信系统中存在大量具体而且油水充沛的利益，这不仅导致了农信系统改革举步维艰，也造成了各地区的农信系统在管理体制上的百花齐放（此处仍为贬义）。
具体来说，目前农信系统的自上而下的管理体制，大概有四种模式。
1、大一统的农商行
这种结构目前只存在于直辖市，北京、上海、天津、重庆等都是这一模式。在此模式下，大一统的农商行作为一家独立法人，有完善的公司治理结构，自主经营，自负盈亏。这种模式下的农商行，与其他商业银行没有本质的差别，省联社做为一个实体已经消失。
2、省联社—县级联社二元体制
这是目前绝大多数地方农信系统所采用的模式。在此模式下，各县级联社作为独立法人，共同出资成立省联社，省联社不作为经营实体，仅承担管理、指导、协调、服务职能。这种模式下，县级联社在法律上独立，但在经营、管理上均受到省联社诸多掣肘。
3、双头管理模型
目前有两个地区采取这种双头模型，一是广东，深圳农商行不归广东联社管辖，自行其是；一是天津，天津滨海农商银行也不归天津农商银行管辖（尽管天津也是大一统没有省联社的），甚至滨海（2007）比天津农商（2010）成立的还早。但出现双头模型的深圳和滨海，不仅在当地，甚至在全国都有其独特的政治经济地位，是其他地区难以模仿的。
4、省联社整体转型农商行
唯一采用这一模式的是黄河农商银行，前身为宁夏省联社，2008年带着直属的银川联社转型而来。黄河农商既是一个独立法人实体，又通过控股的方式对下面19家县级法人社承担管理职能。简单来说，黄河农商行既当运动员，又当裁判员，是农信系统改革不完善的典型。
上述四种结构中，应该说1最先进，2最落后，3是特例，4则不伦不类。对于第2种来说，根据地方政府利益程度，省联社的强势程度也有所不同。地方政府利益相对较少，则省联社相对平和，主要是在科技、平台、后勤服务等方面提供支撑，对县级联社的干预较少；地方政府利益多，则省联社强势，不仅满足于服务支撑，对县级联社的人、财、物、战略方针乃至具体业务都会插一手。用某县级联社领导的话说，省联社是各家县级联社共同花钱请了一个“婆婆”。
农信系统改革，尤其是省联社改革，已经喊了近十年，但至今没有大的进展，唯一的试点黄河农商还搞成了四不像，说到底，还是地方利益摆不平。由于农信系统的历史复杂，不仅省级地方政府有利益，各市、县乃至乡镇都有自己的利益所在。直辖市之所以能取消省联社做成大一统，因为直辖市层级高、区域小、市里对下面区县的控制力更强；其他省区的农信改革，没有足够庞大的资金支持（要能从各县级联社股东手中收购足够多的股份），没有足够高层（起码得是个省部级）的领导推动，想要取得进展，很难。
————————————————2015年2月2日20:00修改————————————————
感谢少爷 @少少 鲍爷 @鲍宏斌补充，在上述四种模式之外，还有一些特例。一个是苏州银行，前身是东吴农商银行，2010年改制成为了苏州银行并脱离了农信系统，是唯一由农商行转制为城商行的；另一个是江南农商银行，是由常州地区的几家联社合并而来的，虽然尚未脱离江苏农信系统，但是自主性也是很强，并且一直都在蠢蠢欲动打算自立门户。不过这两家都不是省联社，所以就不纳入模式下了。
————————————————2015年2月3日15:18修改————————————————
在 @楚晢的回答里面提到了秦农银行，从现有的公开材料看，秦农银行是由西安城区的六家联社合并发起的，是一家市级农商行。陕西省的目的应该是以秦农为标杆，逐步做大其他市级农商行。但需要明确的是，从现有材料来看，秦农并非以省联社为基础转制而来，短期内更没有取代陕西联社的打算，在《陕西省人民政府关于进一步农村信用社改革的意见》（陕政发[2013]24号）（ps:也是这份文件提到了要组建秦农银行）中也到了“进一步完善省联社职能”。也就是说，至少当前来说秦农还无法归入黄河的类别。
———————————————2015年2月4日15:00补充—————————————————
看到评论里面很多人提到了多家地市级的农商行，这里补充一下。早期的农信系统只有省联社—县级联社这一个模式，既没有地市级这一层级，也没有农商行这一概念。后来随着改革的深入，不仅有的县级联社改制成了农商行，也出现了多家县级联社跨区域合并成立的地市级农商。但不管是信用社还是农商行，不管是县级还是地市级，除非演变成双头模式，否则仍属于省联社管辖的。
来源：知乎 www.zhihu.com
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