日本动画电影有些是所谓「剧场版」，而有些是像题主举例的独立动画电影。
剧场版相信题主也明白是依托动漫而成的电影，和动漫的联动性是非常密切的。而独立动画电影则是从脚本到最后完成，大多数都是一体的。当然不排除有些是文学作品等（包括轻小说）改编。也就是说相比动画的剧场版，独立动画电影的监督（大多数能编能画），在构思方面有着更大的自由度，着重自我表现，同时画风也会有着自己浓重的风格。
说回动漫和可能题主所指的「动画电影」，不知道题主观察中两者风格上的差异具体指哪些方面，只能揣摩题主想表达的进行尝试性回答。
支撑日本动漫产业的源头终究是漫画这面大旗扛着，当然现在游戏和轻小说改编也逐渐分了一杯羹。
首先将动漫尽可能拆分：漫画、改编的动画、原创剧集动画。
再者电影：剧场版、独立动画电影。
换种角度分类：
漫画、小说等（非动画形式创作类）
原创动画、独立动画电影（动画形式创作类）
（漫画/小说等） 改编的动画 包括TV动画、OAD、OVA等之后可能衍生到的剧场版（改编类）
题主的问题是不是更倾向于与改编类动画与独立动画电影之间画面风格的探讨呢？
改编的动画和独立动画电影虽方式上一致（动画形式）。但改编的动画多数尊重原作（漫画、轻小说等），尊重原作很大一部分是画风方面的沿袭（除了像恶之华，监督的改编涉及到了画风），漫画分镜表现方面的一致，及在多剧集情况下画面精细度限制等等（当然现在的发展已经有匹敌剧场版画面细节的TV动画了，例如JOJO）。
独立动画电影则有着作为动画这种载体来说具有最高级别的剧情分镜自由度，画面表现及精细度。在画面上，换句话说作者有更多的精力尽可能将动画这种表现形式的潜能在能力范围内全都表现出来，甚至许多时候是带有实验与探索精神的。比如新海诚对于雨滴的表现，对于天空的表现，抑或冷暖关系的表现。又如宫崎骏对于人物动作动态的表现等等。可以说他们是开荒者，有的作品甚至可以不为观众审美服务，不为观众传统逻辑服务，这种尝试性大多数出现在独立动画电影或者独立动画短片中，所以如果您觉得和常见动画有差异也是很正常的。简单来说它更关注作者个人的思想及动画这种形式本身的创造力。
总结：日本漫画衍生的动画追求与漫画的平衡。而独立动画电影则追求个人发想的展现，动画未来的探索。
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【知乎日报】
你都看到这啦，快来点我嘛 Σ(▼□▼メ)
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