一、「日本国字」的概念
广义上「日本国字」或「和制汉字」，据大原望的《和制汉字辞典》统计约三千字，其概念应当包括如下几类：
（一）自造汉字：日本语文工具书通常认定的仿造中国汉字造字原则和结构体式自造的汉字，如畑、鞐等；
（二）同形汉字：与中国罕见汉字同形，字义无甚关联的日本汉字，如杣、雫等；
（三）或体汉字：日本语文工具书认定为自造汉字，实为中国汉字或体的汉字，如硲（峪）、搾（榨）等；
（四）略体汉字：日本使用的不同于现行大陆简化字的汉字略字，如仏（佛）、竜（龙）。
狭义上的「国字」仅包括（一）和（四），（二）和（三）应当属于「国训」的范畴。
一般或体和略体汉字的拟音原则上是从本来汉字的读音，争议一般集中在自造汉字和同形异义汉字上，大致上自造汉字采用声旁定音，同形汉字沿用汉字辞书固有读音。
二、日本国字在中国官方和辞书的注音
民国时期，日本国字开始进入国人视野，起先辞书对其其注音大部分采用的是直音法，从日语音，事实上还没有涉及汉语定音的问题。
新中国成立后，辞书对日本国字的收录相对民国反而变少，但注音方式变为了形译换读法，从汉字音，也就在真正意义上产生了日本国字汉语读音的问题。
1944 年 10 月 11 日毛在新华社发表的社论《评蒋介石在双十节的演说》中提到日军陆军大将畑俊六曾派代表到奉化祭祀蒋介石祖坟的事，以说明重庆政府与日军藕断丝连。由于这篇文章被列入毛选，陈原便把「畑」字收入《新华字典》的第一版中，这也算一段公案。
进入二十一世纪后，中日交流不断加深，日语专用名大量引进中国，2009 年 10 月教育部和国家语委信司发布了《日本汉字的汉语读音规范（草案）》，对 32 个使用频率较高的日本汉字的汉语普通话规范读音官方首次做出了「软性规定」。该草案由教育部语用所主持，由中国语文现代化学会常务理事费锦昌和东京学艺大学教授松冈荣志研制。
三、部分争议以及答者的建议
「辻」（つじ）：十字路口。读 shí，「辻仁成」读为「十仁成」；「畠」「畑」（はたけ）：旱田。讀成 tián。小畑健读为「小田健」。这些基本都是没有争议的。限于篇幅，答者仅谈谈几个有争议的字以及题主问题中谈到的几个字。
匂（におい）：气味。《中华字海·勹部》以为「匈」的俗字，故有 xiōng 音。敦煌本类书《励忠节钞》将「匀」写作「匂」，因而有 yún 读。日语可能将此字由听觉和谐之「音韵」引申到嗅味的「气韵」，故读为 yún 更合理。
丼（どんぶり）：海碗，一说源自吞武里（Thonburi ）王朝时泰国与日本交易的瓷碗，非是，盖国祚仅十三年的郑信大帝虽然跟泡菜坛子颇有缘分，但此时是不可能与锁国后只跟清朝、荷兰、朝鲜做生意的德川幕府进行贸易的。一说源自江户时代町商出现了「倹飩屋（けんどんや）」这种类似于现在面摊的个体工商户，由于这些面商比较实在，用的碗大，后来这种装荞麦面分量的碗就被称为「倹飩振り鉢（けんどんぶりばち）」，进而简化成了どんぶり，甚至仅用どん也可以，所以有用汉语直音读为 dòng 的。「丼」《说文》以之为「井」的本字，故有 jǐng 音，《集韵》又有「都感切，音黕，投物井中声」，故有 dǎn 音。答者认为，丼的どん音应是「国训」的范畴，汉语 dǎn 与日语どん近似，没有必要强造 dòng 音。另，dǎn 音取「投物井中声」之意，更能凸显碗大之状。
凧（たこ、いか）：风筝，。有调整为左右结构「巾 + 几」，仿读作「旗」的，也有仿读作「帆」的，台湾 CNS11643 中文标准交换码将其取作「箏」。 实际此字是「鳯」「巾」二字之合文，形如「鳯」实为「巾」，读 jīn 更合理。
杣（そま）：山中林场。《农政全书·制造·营室》「所居瓦屋则用砖里杣檐」，石声汉校注「杣，疑是『櫋』的或体『⿰木丏』，即屋檐前横钉的望板」，故有 mián 音。「杣」实为木山结合的会意字，与汉字同形，但毫无关系，《倭玉篇》「杣，セン，ソマ」，列有「杣」字日语音读，读 shān 音应更为合理。
枠（わく）：范围、框架。有以ワク音为音读，仿读如「惑」的，非是，盖わく为训读无误，与土耳其语 bukağı（枷锁）颇有关联。有以「卆」似「杂」以 zá音呼之；以「卆」似「华」以 huà音呼之。《四声篇海》以「卆」为「卒」之伪，答者认为「枠」虽日本自造字，读如「椊杌」之「椊」，以 zú名之，未为不可。
雫（しずく）：水滴。《龙龛手鉴·雨部》作「俗，奴寡、奴宽二反」，读作 nǎ或 nuán，方块壮字亦有此字，现代壮文记作 laj，表示下面。有以「雫」曾为「霞」之二简字，仿读如 xiá或 xià。《类聚名义抄》以しずく为「国训」，故答者更支持 nǎ读。
凩（こがらし）：寒风。有调整为左右结构「木 + 几」，仿读作「机」的，也有读「朵」的。实际此字是「風」「木」二字之合文，取风落木叶之意，读为 mù更便于记忆。
毟 / 挘（むしる）：揪拔。以毛旁名声，有 máo 音，可与「芼」字形成参照；又有或体「挘」，可读如「劣」字 liè音，liě音无本，应是讹误。这两个字都是日本自造字，共用一个训读，日语里，特别是日语动词里，共用一个训读的汉字本身就很多，不可能把他们汉语读成一个音，毟和挘虽然是同义国字，但其汉语读音仍不应读同一个音。
[⿱上下]的问题：鞐（こはぜ）表示钩扣，垰（たお）和峠（とうげ）同义，表示山顶、山口，都是和制会意字。[⿱上下]《龙龛手鉴·杂部》「古文，灵贡反」，《字汇补》引《海篇》认为「与弄同」。按理，鞐、垰、峠都应读 lòng，但以[⿱上下]形似「卡」读作 kǎ或 qiǎ的做法很流行，鞐取「卡扣」之意，垰、峠取「关卡」之意也很容易让大众接受，在台湾「壽峠」，也被写成「壽卡」，所以读白读 kǎ音或文读 qiǎ音都很合适。
合字问题：有一部分和制汉字明显是其训读读音万叶假名之合字的，可以分拆读音，等于是回避其读音的问题，但这种情况一般要加注。比如麿（まろ），阿倍仲麻呂（日文又作「阿倍仲麿」）；杢（もく），高木工祯彦（日文又作「高杢祯彦」）；粂（くめ），久米部正亲（日文又做「粂部正亲」）；[⿰土居]（どい），土居原作郎（日文又做「[⿰土居]原作郎」）。这就如同浬、瓩、嗧等黑船叩关后产生的新日本国字，作为科学术语很早就进入了国人视野，当初其汉语读法就很流行分拆来读，这是一样的道理。
综上，日本国字基本上，与中国汉字相同者，读汉语固有读音；中国汉字中完全没有的，采用声旁定音。