反对排名最高的答案， 虽然 @托马斯白 的解释也能成立，但那些所谓「铁证」都经不住推敲，《黑客帝国》仍然是开放结局。
来搬出我的另一个背景版本：
驯服所有人类之后，为了找到最适饲育方法，AI尝试了几代失败设计，认定解决方案只有完全模拟野生环境。
但由于现实世界过于复杂，平衡各种方程超过了AI的设计能力， 造成矩阵无法持久运行而走向崩溃，总有一批人类觉醒脱离控制。
（鉴于矩阵是一个如此复杂的系统，类似蝴蝶效应，任何微小的初始偏差会在长期运行中逐渐放大。另外业界常识，能长期开机稳定不重启的服务器软件系统是很难开发的）
为此，AI放弃了一劳永逸的设想，重新设计了拥有自我升级能力的新一代Matrix，增加了TheOne这个角色。
TheOne是系统在检测到Matrix平衡即将崩溃时激活的「定制人类」，本质为AI和人类的结合体，由人类改造而成，拥有极高权限，可以无线接入主机，但无线接入注定不如有线稳定。
TheOne功能上属于bug收集装置，设定为在展现神迹之后获得反叛者拥护，以收集错误信息。（这个收集过程TheOne是不自知的）Zion虽然是真实的，但在AI眼里就是一个Matrix错误日志。
下面就是Matrix标准运行秩序：
为求逼真，救世主被初始化为具有高尚品格的人类，其AI部分仅占极少份额。所以要有Oracle作为引导者，保证矩阵补完计划顺利开展。
TheOne回收之后，旧Zion再无价值，所以有了几十万乌贼血洗Zion这个场面——简单的说就是存储空间有限，格式化Zion给新的错误日志腾地方。
程序猿都知道，解决旧bug往往伴随着新bug产生。AI本来打算通过自动升级让Matrix趋于完美，谁知道适得其反。几次升级之后，新矩阵几近失控，产生了Smith这种叛乱Agent和Neo这种被爱情突破设定的TheOne，AI无法收场，只能靠Neo的自我牺牲挽救残局。于是AI心灰意冷，加上之前与Neo的交易，最终允许人类自由脱离矩阵。
（Smith不是被Neo上过之后才想叛乱的，之前拷问黑光头就露了底，所以Smith是系统内生bug，只是被Neo加速了发展）
现在来解释那些所谓「铁证」：
Neo的超能力本质上是在Oracle的引导下对自身AI部分的逐步发掘，超能力在Matrix之外有效表明了无线接入模块的启用。与之对应的是， Matrix之外的Neo并不具有飞天遁地起死回生的能力，他的超能力被限定成与机器相关， Neo只能让乌贼冒电火花坏掉，而不是通过违背物理规律的超人行径；Neo瞎眼之后只能看到机器世界，无法看到真实人类；Neo会对大量乌贼吃力，而不是在Matrix中那样血战大波Smith游刃有余。
（绿色代码表示虚拟程序世界， 金色代码表示源自TheSource的控制流，说金色代码表示二层Matrix，讲不通为什么Oracle警卫也是金的）
Smith可以入侵真实世界 ，但Smith自始至终没在真实世界显形，只是借助其他人存在。既然 Matrix可以让接入者认为自己死亡而导致真实死亡， Smith显然也可以让某人认为自己是 Smith 然后做出符合 Smith 性格的事情——或者说，那个人类只是大脑被转变成了离线 Smith 副本。
无限的乌贼？既然机器世界控制了整个地球，那么这么点乌贼完全算不上夸张——就乌贼的形状来说，日常很可能是作为Matrix维修设备存在的。同样，对于拥有整个地球资源的AI来说，毁灭/重建才几十万人的小城市Zion，只是维持矩阵运转的合理开支，算不上什么浪费。
现在来看，为什么AI敢于让人类自由出入Matrix？
我认为这才是《黑客帝国》最有趣的地方。Zion这群反叛者的努力，究竟是为了什么？
第一部中提到，Zion极少解放已经在矩阵中生活了很久的人，这种人是很难接受Matrix外世界的。
那Zion中的真实黑暗压抑，与Matrix中的虚拟光明富足，到底哪一个才是「幸福」？我们真的有必要在意自己是不是「缸中之脑」？AI 真的在压迫人类？
我想，AI的最终决断，正是有把握人类还是会自愿留在Matrix中。
甚至，自由会让Zion人的生存意志彻底崩溃——既然我们已经无需反抗谁，为什么还要在这里受苦？
Zion的觉醒者们经历艰苦奋斗之后，完成了一个毫无意义目标——在Zion中，人类也是依赖机器而生存的，这与Matrix有本质区别吗？不需要什么下一层的虚拟世界，这已经是终极而无法突破的Matrix。
正如《肖申克的救赎》——被囚禁在监狱里的囚徒，最终会依赖监狱本身而再也无法离开。
另外，由于结局的开放性，上面仅仅是一种可能的解释，这里还有一种更有趣的：
《黑客帝国》里，在认可 Zion 并非虚拟世界的前提下，如何解释 Neo 可以在现实世界中对抗电子乌贼？
— 完 —
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【知乎日报】
你都看到这啦，快来点我嘛 Σ(▼□▼メ)
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延伸阅读：
怎么能证明我们是生活在《黑客帝国》中的世界？
《黑客帝国》里，在认可 Zion 并非虚拟世界的前提下，如何解释 Neo 可以在现实世界中对抗电子乌贼？
