看见题主就想回答系列……
针对tv版和旧剧场版，大部分是一家之言，不建议全信。
人类补完计划进行是从死海古卷（或称为里死海文书、死海文书外典，和1947年被发现的那个真实的文献没关系）的发现开始的，而死海古卷是随着白之月一起来到地球的，死海古卷里面记录了关于人类和使徒的起源等一系列非常关键的因素，后来死海古卷成为了SEELE执行人类补完计划的剧本，但是NGE中死海古卷的具体内容没有公开，根据剧场版EOE和之前TV版的猜测，可以认为SEELE版本人类补完计划的大致目的是这样的：
- SEELE参与补完计划的目的是为人类赎罪，回到最初的状态当中，最初状态就是由黑之月中的莉莉丝带来的生命之海的状态。
- 怎样给人类赎罪呢？按照圣经中的记载，需要将耶稣（可能是等同于莉莉丝的存在）订在十字架（由卡巴拉生命之树形成，枪自然是朗基努斯之枪）上，当耶稣的血液流向大地之后，人类就会被宽恕，EOE中的表现是生命之树的根扎在了大地之上。
- 灵魂和肉体的回归需要反A.T. Field实现，因此生产了EVA量产机。
- 生命之树不能被使徒夺走，补完计划也不能由使徒和亚当接触来来影响，因此需要将全部的使徒击败，打败使徒依靠炸弹是不行的，因此需要复制接近使徒的力量的兵器，并且这种兵器需要人来控制，所以后来葛城考察队处理亚当，碇唯提出了A10神经理论操纵EVA。
所以在动画中，SEELE的剧本是这样的，首先朗基努斯之枪已经有了，然后2000年葛城考察队将亚当还原为卵，碇唯提出了A10神经的理论，可以造EVA了，之后成立NERV，将NERV托付给了六分仪源堂并命令其打败使徒（中间出了两个个小插曲，第一是初号机拿到了S2机关，第二是朗基努斯之枪被投掷到了月球上）在SEELE欺骗最后的使徒并将其打败之后，开始执行仪式，最后成了这个德行：
但是中间出了些变化，唔，怎么说呢，NERV执行的计划是另一个版本，简单说就是人如果同时拥有智慧和无穷的生命，基本可以认为是等同于神的存在，而且碇唯认为，人类在未来不应该消失，而是继续活下去，基于这个想法，碇唯开始按照自己的想法行动。
冬月幸增：”人类仿造神造出了EVA，这才是真正的目的吧。”
碇唯：“恩。”
碇唯：“人类只能在这颗星球上生存，但是EVA可以无限地生存下去，和寄宿于其中的人的心灵一起，就算再过了50亿年，地球和月亮，甚至太阳都消失了，EVA也会存在下去，即使只有一个人活下来，虽然会非常寂寞，但只要继续活下去的话……”冬月幸增：“那样人类曾存在过的证据就会永远的留存下去吧。”
所以后来碇唯留在了初号机之中，同时为了实现自己的计划，初号机得到了力天使的S2机关，为了阻止SEELE，朗基努斯之枪投掷到了月球上了。
（我想了想还是写上来吧，六分仪打算进行的补完计划可能还和碇的有所不同，比起碇的让人存活下去，六分仪更可能打算让自己和碇一起成为新的神）
但后来出了一件非常逗的事情，六分仪在执行计划的过程中被绫波拒绝了，绫波作为唯的克隆体选择了真嗣而不是真嗣他爸，这样一来人类的未来再次回到了真嗣的手上，而真嗣最后的选择既不是无限的活下去也不是回归到原始的状态，而是回到原来的世界，并且唯也告诉真嗣，“只要能用自己的心去创造自己的形象，任何人都能恢复人形”，但些许的不同就是真嗣和明日香的想法有所改变，或许就是有人认为的，在心灵上的被补完了。
基本上说，如果是SEELE的路线的话，全部人类的肉体会消失，精神合而为一，恢复到最原始的乐园的状态，如果是按照唯/源堂的路线，人会自己成为神或者依靠EVA成为接近神的存在，实际上就是永生，但真嗣最终选择的是回到现实，这点也许和庵野想要通过这部剧场版传递给所有的爱好者的观点一样，“从动画中走出来，回到现实”。
所以出现了这一幕：
幸福究竟在何方，我还是不太明白，但是存在于此处，以及诞生于这个世界上的意义，我今后还会继续思考的，
— 完 —
本文作者：知乎用户（登录查看详情）
【知乎日报】
你都看到这啦，快来点我嘛 Σ(▼□▼メ)
此问题还有 6 个回答，查看全部。
延伸阅读：
动漫EVA中，“人类补完计划”究竟是什么？
如何解读 EVA 动画？
