首先强调，日本的科研确实还是世界顶尖的，可以参考Nature发表的亚太排名，亚洲第一是中科院（52个研究所），后面的2-4名分别是东京大学，RIKEN（6个研究所），京都大学（数据截至2014-12-19 Institution rankings），累计5年排名（2008-2012）top6有5个来自日本（Institution rankings）印象中曾经有一次是2-5位分别是东大，京大，RIKEN和阪大，再加上东北大学前十名有一半来自日本。最近10年几乎一年一个诺贝尔奖，而且绝大部分人的成果、教育都是在本土完成。如此小的一个国家，有如此的成就是不可思议的。
为什么来的人少，我想语言和文化是一个很重要的原因，因为众所周知的矛盾，大家可能对日本有一些偏见（比如变态，奇葩之类的），对日本的大学有一些看法（比如很push），大家基本都是会英语不会日语，但是日本人英语不好，在科研和生活上会比欧美麻烦多很多。另外一个原因，用我智利同学的话来讲，中国人对美国有一种近乎狂热的执念，其实欧洲也有很多非常低调的牛逼的研究所和大学，比如他之前所在的卡洛琳斯卡医学院，但是很多中国人都不太了解，觉得不如美国的学校好。
以下来回答你的问题：
1.日语需要达到什么水平才可以去日本比较好的大学或研究所工作（postdoc和faculty）?
确实绝大部分日本的大学或者研究所都是说日语的，讲英语的很少。像我所在的研究所这样，2位教授都毕业于美国，所里国际学生比例大，英语讲得好的不多。我想日语至少要N2级别才可以吧，我之前住宿舍的时候，隔壁是一个USTC的学生，他的日语就是N2级别，但是感觉他交流起来就好很多，硕士阶段可以上学校的免费日语班，这样能提高不少。
2.在日本的科研工作（比如体制、科研氛围）整体和欧美、中国比起来有何异同？有何优缺点？
日本的科研我觉得最大的特点是传承，一个方向会研究很多年，当然期间也会做一些调整，但是大方向是一致的。很多实验室的教授退下去之后，接任的教授就是自己的嫡系子弟或者在这方面很知名的学者。
另一个很大的特点是认真细致，我只拿我的亲身经历来说明，尽量不做overreach conclusion，参考院校是清华深圳研究生院环境系，京大环境系和我们研究所，英国Center for Ecology and Hydrology (CEH)还有香港科大化工系。插一句我们研究所隶属京都大学但是不在京都市也不在京大三个校区之内，不属于环境系，只不过招生都是挂靠在环境系。之前我在HKUST化工系读书的时候，做实验用仪器，学校会集体培训安全知识，也要考试，合格才能用。但是具体每个仪器的使用守则，只能是师兄师姐来教。在京大环境系，会有专人教你使用，因为大部分仪器都是公用的。在我们研究所，因为规模小，使用更加严格。每个仪器都有1个负责的教授还有2个协管的学生，在使用之前要先问学生怎么使用，哪些地方需要注意。问好了再去找教授，教授会问你问题，如果打不上来就要再去问，直到可以回答上所有问题为止。
我们使用一个称量的天平都要回答一张10个问题的问卷。使用MilliQ纯水机都有7条规则：用之前要先看显示屏上的数值，conductivity 18.2MΩ*cm@25℃；TOC 5ppb；用之前才可以接水平时不要接；接的时候要用特定的瓶子接不能随便找瓶子接；接的时候要斜着接，让水流到壁上，这样不产生气泡，防止空气中的污染物进到水中；绝对不可以碰接水的头；如果用量大要注意看屏幕上的水量提示。申请通风橱的时候问我为什么要用通风橱，具体哪些污染物会对人体造成伤害，什么性状，怎么造成伤害，造成什么伤害。用个紫外分光光度计，一直问到拉格朗日常数怎么推导。
上面提到的几个研究所和大学在这方面都没有这么严格。在其他方面，我们做报告的时候展示PPT，带我的mentor就是典型的日本人，他会深扣每一个字用的合不合理，每页的排版和字数，重要内容的摆放位置，时间和内容的掌握，字体的大小……甚至最后结束语都要改，一定要用Thanks/Thank you for your kindly attention, 不能用Thank you,后者太没有礼貌。我常常去深圳实习，那边的学生做报告没有这么细致，HKUST也是如此。CEH这点做得很好，毕竟是母语，表达更到位。
我看中国一些研究所还有顶尖大学的某些院系已经赶上来了，越来越多的老师从外国回来，水平什么的也越来越跟外国接轨了。2000年那阵能有CNS就是院士了，2005年那阵有一个CNS全国疯抢，2010搞生物医学口的都好几篇CNS……现在清北华南理工的本科生硕士生都有发CNS的了。
选题方面：我觉得香港更多是从发文章的角度来选题，终极目标是发文章。而我导师每次都会问你做这个的目的是什么，有什么意义，而文章我们研究所发的不多，但在专利、工程方面我们有很多成果，一样可以成为日本领先（陈光浩教授语）。不是说发文章不好，理科发文章可以理解，工科还一味的发文章就有点不合适了，毕竟要用于实践，而且文章不是科研的唯一评价标准。CEH那边是研究所，专心科研，可以从事长期项目，不像大学一般博士毕业，就换题了。他们选了很多当今世界上的热点问题，列好优先顺序，大家共同合作，这点太棒了。
工作时间：清华那边就有点国内的特点了，每天必须几点到，一天多少小时，我亲眼看见有的硕士生就在那边打游戏一打一上午，很多硕士晚6点就基本回去了。英国那边都是早9晚6，最晚8点，想多待会都不行，人家要关门下班。我们研究所的学生和博后都很努力，虽然没人管你什么时候来，但是基本周一到周日，早9点到晚12点都有人的。教授也是很拼的，我刚来的时候，他经常凌晨2点发个邮件，早晨5点再发一个。今年一个博士毕业的学生，预答辩被10个人从下午5点问到晚上11点，中途就休息了10分钟。HKUST的压力跟日本差不多，我们一样都是这个工作时间，只不过周末我们去的少。累不累看老师也看方向，理科普遍累，一直在日本读书的老师实验室比欧美系的老师手下累。
科研体制和氛围：这方面不好说，但是日本教授的权利很大，厉害的教授经费超级多。同样一个系的教授，我们就可以有很多机会去开会去实习挣奖学金，其他的研究室就没那么多机会，有的压根就不知道这些事情。而且因为我们所的头都是美国毕业的，可能总体更欧美范一点。清华深研院和HKUST毕竟是大学，也要兼顾教育。但是我还是觉得日本的教授除了社会地位高，薪水和压力挺大的。我教授大概一年1200万日元不到，听同学讲，在商社或者国家公务员工作，如果干得好，在30岁的时候也能有这么多了。而且有位置才会招聘，没位置就一直当博后，很多能人等不及了最后跑美国当教授了。香港虽然paper driven但是钱多啊。HKUST的助理教授每月6、7万港币，副教授一个月就9万港币了，正教授14万港币月薪，而且在HKUST当老师可以免费住一个海景房，我教授孤身一人在京都某巨破的单人公寓租房住，他老婆孩子在东京那边，天天坐地铁上班好可怜。CEH我真是爱死了，太scientific了。每天上午和下午各有一次10分钟休息时间，大家在一起喝茶交流成果，相互提高，而不是各自为战，这样很好。厕所装一个吹风机都要写明为什么，喝个茶还1/3凉水+2/3热水，说这样75℃最好喝。不过CEH那边研究所不收博士，国家大量拨款专心科研的，实力更强，成果出的更多。
优缺点：日本做科研很扎实，遇见对的人能学到真东西，但是很多地方文章发的少。而且如果日语不行的话，享受到的资源或者学到的东西不如会日语的多。说实话来日本的学生总体水平不太高，拿奖还是很容易的，尤其是文部省的奖学金14.7万日元每月还免学费，那个跟欧美的fellowship差不多了，能养活2个人了。科大奖学金我那阵是13600港币每月，学费3000，宿舍费3100，每月扣完也没剩多少。英国那边毕竟是现代科学的发源地，训练更系统也很自由，但是不好拿钱。
最后我自黑一下HKUST，吹连续三年亚洲第一，但是包括诺贝尔奖、沃尔夫奖、拉斯克奖、狄拉克奖、阿贝尔奖、菲尔兹奖、图灵奖……一个得奖者都没有，香港+新加坡所有大学也是一个都没有（高锟还能算吗），说明理科基础还是有点薄弱的，至少创新不够；工科没有多少实践和企业，就是发文章灌水。毕业了当老师也难，科大所有老师里面，博士毕业于香港本土的不超过5个。用我化学系一个师兄的话说，香港读博就是麦当劳KFC，速度快没营养。
做科研最需要的是兴趣，之前的经历不是很重要，关键在读书期间要多学习多积累多思考。我来日本最大的感悟是不管你之前怎么样，只要认真努力，踏实做科研，都可以有一番成果。看看这几年拿诺奖的日本人：田中耕一，下村修，山中伸弥，中村修二，几乎个个都是屌丝逆袭的励志大戏。我决定从事科研除了兴趣和喜欢自由之外，还有一个原因是很多事情没有对错，换个角度都可能对。但是科研对就是对错就是错，有凭有据，大家也很理性不会吵得老死不相往来的。博士看学校很外行，还是看导师更好点。同样牛津剑桥，东大京大，MIT，UC Berkeley毕业的，有牛逼到拿诺贝尔奖的，也有水到连国内好大学教职都找不到的，这样的例子我认识不少。清华和浙大的土博也有去Stanford、JHU、Penn state这种好学校当教授的。即便是同一个实验室的，毕业之后差异还很大，这里面个人的因素更重要，有兴趣的人会主动的去学很多东西，而不是被动的靠老师催。
来源：知乎 www.zhihu.com
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