这个话题要精通心理学和医学的人才能给到最为全面的解答，我就从心理学大概讲讲，至于为什么生理会这样反映运作还得靠研究人脑的人来回答了。
为什么人们无法判断梦的内容是否符合逻辑，无法对其进行合理否的判断呢?
那是因为做梦的时候，大脑这时仅仅是由负责想象神游，毫无意识且快速地完全自动运行的“系统1”在运作，而负责逻辑思考，负责深入判断的“系统2”在无法集中注意力调动其运作的条件下，无法进行运行，因此大脑就无法完成楼主所疑惑的为何不能在梦里对梦里事物发展进行合理性判断。
“系统1”本身就几乎不懂逻辑，运转起来也几乎不费脑力，甚至你也无法主动将其关闭。不信你试着做下静坐训练，闭上眼减慢呼吸试着不去想任何事物，但你会发现各种念头会完全无意识地进入你大脑，你根本无法从后台关闭系统1, 它工作机理极其复杂且自主运行；
大脑两个系统中的另一个“系统2”，它需要在人脑集中注意力的状态下才能工作。系统2将集中的注意力调配到需要进行费脑力的大脑活动上去，去逻辑地认识思考判断问题，比如上课听讲，理解新游戏的规则，专心听朋友传授某些你之前不知道的知识，做复杂的运算题等， 也就如楼主问题中的去判断梦里事物的合理性一样。这种费脑力，运转慢，且无法长时间运行的系统2必须在集中注意力的情况下运转，注意力一分散运转就会随之中断。（人脑大多时候是在思考比如吃饭没啊，多久去睡觉啊，灯关没啊，明天去哪家馆子就餐啊，要不要点蚊香啊等这些不需要费脑力的仅靠系统1凭经验进行些简单推理和想象就能解决的问题并不停跳转在这类问题中）。
基本上我是认为绝大多数次做梦的时候，系统2是没有工作的，不然睡觉你都总是集中注意力去思考问题，那人肯定活不了现在的寿命的。
你会发现即时你有时候失眠脑袋里总是涌现很多问题导致你在床上翻来覆去，但那些问题其实都是毫无意识涌入你大脑的，这都是系统1异常活跃导致你入睡的原因。
人们发现集中注意力调动系统2的运作能一定时间去抑制系统1的运作，比如你实在被系统1折磨地翻转难以入眠的时候，集中注意力运作系统2去数绵羊，那么其他的杂念就会暂时被系统2因要求你专心数绵羊所代替，这样也是人们的经验之谈，运作系统2的时候你大脑就被所专注的任务占据了，所以过马路不要玩手机哦，不然你很可能忽略车子的存在。
总结下吧，我觉得做梦过程中是系统1在运作，而失眠难以入睡也是系统1在扰乱。但因为失眠的时候，人是清醒状态，系统2难免不会因为某个念头被注意力集中而调动起来进一步思考下去。因此失眠肯定会比做梦对第二天的精神状态造成的影响大。
这里我也只是凭记忆粗浅地谈了下心理学中广泛应用的两套系统，想了解更多推荐楼主可以去看丹尼尔.卡尼曼的《思考，快与慢》。希望我的回答对你的问题有一定帮助。
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